General José Santos Zelaya.

José Santos Zelaya (1893-1919) gobernó Nicaragua durante dieciséis años, entre 1893 y 1909, ejerciendo una dictadura ilustrada. Entre sus logros se encuentra la reintegración a Nicaragua del territorio de la Costa de los Mosquitos, o reino de Mosquitia, y el establecimiento de una efímera federación de naciones centroamericanas, la República Mayor de Centroamérica, que duró tres años (1895-1898) y de la que solo formaron parte, además de Nicaragua, El Salvador y Honduras. Bajo el signo del progreso, Zelaya inició además una serie de reformas en el país, como la institución de la enseñanza laica y del matrimonio civil, y decretó la confiscación de los bienes de la Iglesia. Bajo su gobierno, se dio impulso a la construcción de líneas ferroviarias, y al transporte marítimo, con la introducción de la navegación a vapor en el lago Managua y la realización de importantes obras en los puertos de San Juan del Sur y San Juan del Norte.
En 1906 Nicaragua mantuvo una corta guerra con Guatemala, Honduras y El Salvador, que se resolvió, tras la mediación de Estados Unidos, en un tratado firmado en Chicago el 23 de abril de 1907, según el cual cada nación debería abstenerse de inmiscuirse en los asuntos de las demás, y, en caso de conflicto, las cuatro se comprometían a aceptar la decisión de un Tribunal de Justicia Centroamericano, cuya sede se instituyó en Cartago (Costa Rica).